厉害了，固体活检！cfDNA伴随诊断成功案例分析

序曲

早先，Grail等待投资10亿美元计划书招募7000初诊肝癌和3000 有益年轻人，共同帮助血检现代病因标记物的开发计划书[1]。血浆测定要爆发了吗？从技术外行和应主要用途于者的相反吐槽一下黏性切除的瓶颈重重和从前途。抛砖引玉。脚注黏性切除与基本上许多组织切除的优劣势相对从前年底参予黏性切除全会的时候，还觉得它离基本上应主要用途还远，FDA的指南也含糊其词。一年多过去，不太可能会有多款黏性切除在在病因厂家获FDA许可，或不太可能会获取相当多外科数据资料，等待审报了。黏性(毒素) 切除的其发展敢说可以用应运而生来讽刺。黏性切除主要包含血浆以后的气化肝细胞（circulating tumor cells，CTCs)， cell-free DNAs (cfDNA)， 外泌体（exosome）等。CTCs 火了几年，在2013年出发颠峰后发掘出应主要用途有许多局限，被粗时间崛起的cfDNA取代。外泌体发掘出还相对新，虽然其发展粗时间，但离应主要用途还有间距。这里主要争辩cfDNA的瓶颈重重，主要是在在病因和口服实时多方面的应主要用途。血检与许多组织测定来得绝对优势在于：方便，粗时间，即时，廉宜，医学影像。格外重要的是，血检都能无法挽回许多许多组织仪器难以赢取 (when tissue is an issue)，或许多组织仪器数需求量、运动速度不高的病症赢取特异性外科，或参与外科研究的从中。比如，顺利完成时超过30，000外科测试者的Guardant Health新闻报道，血检步骤无法挽回了达50.2%的外科病症的特异性变异DNA的信息，这些病症要么许多组织仪器难以赢取，要么仪器运动速度不高，无法测定到致癌性变异。不是所有肝细胞会将变异的碎片DNA释放出来到血浆以后，不同一般来说的的血检检出部将也不一致。据Guardant Health的新闻报道，肝癌检出部将最高，约为92%，非小肝细胞肝癌89%，最较差的粘液母肝细胞瘤检出部将只有57%。这是血检的最大的限制性硬伤之一。也是许多组织切除无论如何都令人吃惊的依据所在 (仍旧是金国际标准)。毒素cfDNA测定还有许多其它挑战性因素，比如：· DNA视频小，50-200 bp（最大值165 bp）。· 寿命粗，30 分钟，之后稳定。· 较差含需求量/丰度：较差nM/mL 毒素。· 随着治果的减小，DNA数需求量大幅减少。· 正常肝细胞DNA的污染。血检在非小肝细胞肝癌的应主要用途随着技术的不断进步，血检不太可能会取得巨大的急于。血检瓶颈重重最快和最萌芽的也是都有著最迫切期望的是肝癌特异性外科的在在病因。肝癌病者多，死亡部将高，特异性口服研发瓶颈重重快。同时肝癌许多组织取样瓶颈，危险，容易诱发并发症。肝癌外科护士和病症对血检的期望是最积极的。肝癌血检瓶颈重重最快的是EGFR脆弱变异的测定。EGFR变异在欧美年轻人占非小肝细胞肝癌的15%以上，是个相对多的病症年轻人。在国内数需求量达25%以上。FDA往年不太可能会许可了Roche的cobas血检试剂盒主要用途一线EGFR变异的酪氨酸嘌呤小分子在在病因 (2016-6-1)，以及一线三代AZD9291（TAGRISSO）的在在病因 (2016-9-28)。根据不太可能会出版的EGFR T790M无症状病症的数据资料，许多组织切除获取的外科试验数据资料总体反之亦然部将（ORR）为62%，无瓶颈重重生存期（PFS）为9.7个月初，血检的ORR为63%，PFS为9.7月初。二者数据资料格外加完全一致[2]。血检与许多组织切除相容性也极低。许多其它的子公司厂家以后都构成EGFR的变异测定。部分物化血检试剂盒综合阿斯利康 (AZD) 耗时了大需求量的精力来测定三代AZD9291的赢取性MRSA变异从前提，不断系统升级的研究报告数据资料推测约有20%的MRSA变异由C797S变异构成 (100 例病症数据资料)，即变异了AZD9291的共价合合启动子。这个数需求量比以后的新闻报道要较差[3]。期待早先的许多组织切除数据资料新闻报道，可以相对二者的相容性。其它的变异多为零散地理分布。同时，AZD也在测定内在 (原发) 变异从前提，格外多的数据资料在当年的AACR上无论如何有系统升级。至于用NGS多第一组(panel) 测定，Guardant Health 在推出Guardant 360后，又更进一步推出Guardian 500+， 与多个大型精细化工子公司合作，主要用途外科测定，择优潜在的具体变异DNA。这与NCI正要顺利完成的伞式（umbrella）和篮式（basket）外科试验的最大限度是完全一致的。即大规模择优病症年轻人的可特异性变异，阻截，加速特异性口服的应主要用途于和开发计划书某种程度。当然，第一组也不是就越大就越好，如果入选的变异DNA不是传动装置致癌性变异，或者不可特异性，不会对治疗法发放病因熊征意义，熊征意义或许不大，徒增效率。NGS panel与PCR步骤来得，代表了未来格外先进的技术。意味著，应主要用途于者用不同子公司的厂家推论的合果相似性还不大[4]。AZD的转化部门的VP Carl Barrett 甚至给出了几种主流厂家20%完全一致部将的值，令人大掉下巴。Barrett讲到，正要用物化的毒素和许多组织仪器来相对不同子公司的厂家的可靠性，合果可能会会在当年AACR年招待会出炉。看来，来得PCR的步骤，NGS在血检上还须要更进一步此后减少诱因和相容性。从可口可乐子公司出炉的ALK 融为一体变异3代ALK肽Lorlatinib的毒素cfDNA ALK变异外科数据资料，我们都能获取哪些精确的信息呢？他们用的是BEAMing dPCR 的步骤[5]。相对来说感到著者对步骤的灵活性格外加不满，因为ALK的MRSA变异一般来说少，得随着外科瓶颈重重不断调整PCR多肽和催化有条件。从38例病症的毒素cfDNA以后，测定到有14例病症有ALKMRSA变异。这个数需求量与以后新闻报道的许多组织测定数据资料相当。同时，ALK的变异一般来说，数需求量地理分布模式也与以后的新闻报道相同。毒素切除与以后的许多组织切除来得，都能测定到格外丰沛的回波。变异的值得注意再次获取正确性。以后许多组织安全检查的合果，基本上MRSA变异为ALK单一变异，只有个别是双变异。但毒素测定到的合果则推测，有一半的病症的ALKMRSA变异也就是说或多于2个变异，最少的有4个变异。Lorlatinib的ALK活性大幅减少，比从从前ALK肽Crizotinib的活性减少了20-50倍，外科从前数据资料表明，它都能解决近乎所有的ALKMRSA变异，引人注意对除此以外变异L1196M有极好的活性。但令人费解地是，在所有构成L1196M的六例变异病症以后，有三例属于有效率催化，另外三例真实感不佳。根据以后的新闻报道，真实感不佳的病症，有不大的可能会性是由于Src活性减小造成的内在抗药从前提转换引起的[6]。Src磷酸化活性减小难以用DNA测定的步骤观察到，只能能用细胞组学的信息。这也从侧边再现出DNA测定不是万能的，还要与其它有效率的步骤借鉴，互补。Lorlatinib的ALKMRSA变异有一例新闻报道，即L1198F[7]。（毒素切除的合果以后还无法发掘出同样的变异）这个新的MRSA变异不会被二代ALK肽解决，却对从从前ALK肽Crizotinib极其脆弱，从而形成一个良性气化 (loop) 药物选择，把恶性变为可控制的病者。这无论如何是在发掘出最终治愈技术手段以后我们对特异性外科期望以后理想的“小最大限度”了。血检在合膀胱癌、肺脏癌上的应主要用途除了肝癌，后期乳腺癌合膀胱癌（mCRC）是血检其发展较快的。即KRAS变异的测定。它不是主要用途KRAS本身的特异性（还无法有效率的直接特异性口服，口服化学家打气！），而是用来个人兴趣EGFR免疫球蛋白药物 (如cetuximab)，即有RAS野生型的病症对EGFR免疫球蛋白有效率，KRAS变异的病症真实感则否着。柏林的Merck在这个斜向最积极。与Sysmex所设计计划书OncoBEAM测定器材主要用途KRAS外科在在测定，与许多组织切除的相容性大幅提高>92%[8]。与Biocartis所设计计划书傻瓜型病因信息化器材（研究用）。只要把1mL毒素加入到测定器材以后，130 分钟后启动时出合果。自诩10岁的孩子们就可以操作。除了在在病因，KRAS血检还可以主要用途口服治果，个人兴趣药物，停药决定。如有新闻报道的病例，EGFR免疫球蛋白应主要用途于造成野生型的RAS暴发变异，病症瓶颈重重后建议停止应主要用途于EGFR免疫球蛋白，并应主要用途于其它治疗法步骤，等KRAS变异测定呈比如说后，可以此后应主要用途于EGFR免疫球蛋白。这些方便，能用，对病症友好的RAS变异状态的实时监控，正是血检的绝对优势所在，受到护士病症的积极响应。虽然KRAS变异在非小肝细胞肝癌以后占的数需求量达25%以上，但由于无法有效率的直接特异性KRAS的口服可以应主要用途于，所以KRAS变异信息在肝癌病症以后对治疗法的个人兴趣熊征意义意味著还很局限，好在免疫外科对KRAS变异反之亦然部将还差强人意。早先在EORTC-NCI-AACR全会上新闻报道的肺脏癌（GISTs）的一期外科过程以后，完美地应主要用途了黏性切除的技术手段，cKIT和PDGFR的MRSA变异实时变化。Imatinib（Gleevec）在CML都有著耐久神药的称号，但在在肺脏的特异性变异上，却很快就产生了MRSA变异。BLU-285和DCC-2618就是设计出来的二代，用来解决从从前的MRSA变异。常规血样黏性切除都能及时，可靠的外科口服的应主要用途于真实感[9]。看来，以后特异性MRSA外科试验的黏性切除有粗时间要成为国际标准测定之一的排斥。血检cfDNA的其它应主要用途从前途随着cfDNA技术的不断进步和萌芽，用常规血浆cfDNA仪器来大规模乳癌引人注目传动装置致癌性变异赢取了很好的从中，比如TRKA， B， C 融为一体变异在近乎大基本上类别以后都有传达，但数需求量都不高[10]。这样，即使有很好的TRK小分子肽，因为病者招募格外加瓶颈，制剂开发计划书瓶颈重重较慢。如果常规血检panel都能获取推广，制剂外科开发计划书可以大大提速。其它的例子熊在非小肝细胞肝癌，c-RET的融为一体变异有1-2%，c-MET 氨基酸14切割变异在肝癌有2-4%等，都是传动装置致癌性变异，却因为病者数需求量相对较少，严重影响阻碍了小分子口服外科开发计划书瓶颈重重与获批[11]。乳腺癌以后的PIK3CA 变异，黑素瘤以后的BRAF（V600E）也是黏性血检的研究首选。用毒素cfDNA的技术手段来测定DNA的过需求量传达还格外加瓶颈。很多时候，cfDNA的传达需求量与许多组织相应细胞传达含需求量不成正比。像乳腺癌的HER2测定可能会还要格外多的依赖于基本上许多组织测定技术手段。至于许多其他的类别，引人注意是致癌性变异DNA不完全一致，特异性口服缺乏的意味著，血检的重要性和迫切性还不是很相对来说。随着免疫外科外科数据资料的不断积攒，大规模的NGS血检数据资料也许可以辅助预判免疫的概部将，用来个人兴趣潜在的药物第一组。这无论如何是尤为遥远的最大限度。最后，最具全球化价值的应主要用途之一是肝癌引人注意是肝癌的现代病因了。肝癌总体5年生存部将只有18%。如果都能现代发掘出，一期的五年生存部将达45-49%，二期也有30%。三期14%，四期只有1% (英国肝癌协会网页粗略估计，2000年的少有的现代数据资料，现在肝癌后期生存部将无论如何减少了很多，不知[11])。由于肝癌属于看不不知，摸不着的类别，同时现代发病时症状也不相对来说，导致基本上病症肺癌时已是后期。黏性血检现代病因还处在踏入阶段，也是Grail要帮助的斜向。当然，泼冷水的也大有人在，批评他们好高骛远，根本就是结实上全， 不如来点实在的[1]。我觉得这是一个有从前途的斜向，引人注意值得慈善投资基金投资。